南京南站的地铁有以下几个线路：

1. 南京地铁S1号线（机场线）：该线路连接南京南站和禄口机场，方便旅客前往机场。在南京南站内，可以通过地铁站指示牌找到S1号线的入口。

2. 南京地铁3号线：这是一条重要的地铁线路，也经过南京南站。在南京南站内，可以轻松找到地铁3号线的站点。

此外，南京南站内的地铁站布局比较清晰，可以根据指示牌找到相应的地铁入口。需要注意的是，不同的地铁线路在南京南站内可能有多个入口，可以根据具体目的地选择合适的入口。同时，为了顺利乘坐地铁，请提前了解地铁运营时间和票价等信息。

以上信息仅供参考，如有更多问题，建议咨询南京南站的站内工作人员。