世界上突然出现了身长2至15m的神秘怪物“巨人”捕食着人类，面临着生存危机而残存下来的人类，在三重巨大的防护墙内侧确保了生活圈的安全。

人们在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，60m高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，巨人们成群的冲进墙内捕食人类。

讲的是一个名叫艾伦的少年，是一个亲生母亲被巨人杀掉后，父亲在他6岁时的进行人变巨人的实验，他小小的心灵中某样东西崩坏了，变成了杀人不眨眼的有着小孩外表的杀人狂，在杀了两名罪犯救了一女孩三笠。

父亲给他注射一种药剂后艾伦丧失了部分记忆，继续变为普通人成长，在巨人入侵后，母亲被吃，想要杀掉所有巨人的他加入消灭巨人的团队，有了信赖的伙伴后，他执行任务为救由伙伴而被吃，出于对巨人的怨恨他变成了巨人活了下来。

人们把他视为战胜巨人的关键，为寻找化巨人的方法，他带着父亲给他的钥匙和伙伴一起寻找至关重要的地下室，在此途中，死伤众多，并且发现他的伙伴是化为人的巨人，为了某个目的想要抓住他。

743年谜样的巨人生物突然出现，将人类近乎捕食殆尽。

835年艾伦、三笠、阿明出生。

844年三笠的父母双亡后，被接至艾伦家照顾。

845年玛利亚之墙南端的希干希纳区遭超大型巨人突破。

玛利亚之墙遭巨人侵占，居民被迫迁往罗塞之墙内避难。

艾伦的母亲遭巨人杀害，父亲从此失踪，艾伦、三笠、阿明前往开拓地避难。

846年玛利亚之壁夺还战失败后，从罗塞之墙到希干希纳区的领土被迫放弃，人类失去1/3的领土和2成人口。

多数难民在玛利亚之壁夺还战中丧生(事实上是政府为了减少失业人口所提出的政策)，其中包含阿明的父母(动画版为爷爷)。

847年第104期训练兵团组成。

艾伦、三笠、阿明从开拓地进入罗塞之墙的南方小队。

850年第104期训练兵团毕业。

罗塞之墙南端的托洛斯特区再度遭超大型巨人入侵，大门被破坏。

第104期训练兵团毕业生与驻扎军团联合对抗巨人。

在处于劣势的人类中，因艾伦的巨人化能力觉醒，出现希望。

在托洛斯特区夺回战中，为使艾伦顺利将巨石堵住墙的洞口，以艾伦为中心，封锁巨人的入侵路线。

原本牺牲甚多，最后因紧急回来的调查军团援助，洞口被封住，托洛斯特区夺回战扫荡巨人成功，为人类的首次胜利。

达里斯·萨克雷总统做为议长召开军事法庭，进行攸关艾伦性命的审判。

最后艾伦交由调查军团管理。

第57次墙外调查中，因为牺牲过多不到一日便归返。

此后艾伦必须交给宪兵团。

在这次的墙外调查中，由艾尔文指挥的第一次女巨人捕捉作战以失败收场。

第57次墙外调查结果，判定所属希娜之壁内的史托黑斯区宪兵团的亚妮·雷恩哈特为女巨人，进行第二次的女巨人捕捉作战。

野兽型巨人带领众多巨人入侵罗塞之墙，调查军团与巨人在厄特加尔城交战。

因为尤米尔和随后赶到的汉吉班活跃的表现，野兽型巨人遂逃走。

第104期训练兵团的毕业生、目前所属调查军团的莱纳·布朗和贝特霍尔德·胡佛抵达罗塞之墙后，各自自白为盔甲巨人及超大型巨人，为带走艾伦和尤米尔而与调查军团交战。