自交系间杂交在亲本选配上要考虑配合力，即自交系(或品种)与另外的自交系（或品种）杂交后杂种一代的产量表现情况。

配合力可分为一般配合力和特殊配合力两种。

前者是一个亲本与一系列亲本所产生的杂交组合中，对某一性状表现的平均效应；而后者是指一个亲本在与另一亲本所产生杂交组合的性状表现中，偏离两亲本平均效应的特殊效应。

不论是异花还是自花授粉作物,在决定杂种一代的综合表现上,一般配合力是主要的，特殊配合力大都是在一般配合力的基础上发挥作用。