首先纠正1L，主兽都是菊草叶，火球鼠和小锯鳄，没有什么不同！不同在于：桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。

这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝（在这个版本中是火球鼠）的玩家能够比其他版本中更早地收服到炎系神奇宝贝。

冰之通路的迷宫变化，并且部结构改为冰结构。

烧焦塔全部重新设计。

神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计，现在玩家可以看见迷你龙的雕像。

雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。

水晶版也是第一个与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本。

龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。

首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。

某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公；狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。

然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像。

部份训练家的台词改变。

玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。

这是第一个可以选择女主人公的版本。

水晶版出现了米那君，以捕获水君为自己的目标。

洛奇亚和凤王均以等级60出现在游戏中。

凤王不能被捕捉直到玩家捕获了炎帝、水君、雷公。

阿露福遗迹变更，增加了未知图腾的出现率。

在日文水晶版中，如果玩家将在满金市的神奇宝贝中心获得的蛋兑换券交给饲育屋老夫妇，他们会送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有可能孵化出皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或小鸭嘴龙，并且有50%的可能性孵化出异色神奇宝贝；在英文水晶版中，饲育屋老夫妇会直接送给玩家不可思议的蛋，这颗蛋有14%的可能性孵化出异色神奇宝贝。

黄金市也有了很大的变化,神奇宝贝中心变成了多功能精灵中心(PCC)(就是可以用手机上网交换精灵的地方）狃拉出现在了冰之通路。

在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。

部份训练家站立的位置做了调整。

关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。