南四湖自然保护区是以保护湖泊湿地生态系统为宗旨，集生物多样性保护、科学研究、宣传教育、生态环境建设和资源可持续利用为一体的生态系统类湿地类型自然保护区。

大型草型湖泊湿地生态系统 南四湖是我国淮河以北地区面积最大、结构完整、保存较好的内陆大型淡水草型湖泊，水面面积达1266km2，是洪湖的3倍。

保护区地处我国南北的过渡地带，植物种类丰富，地理成分复杂，经过千百年的自然更迭和演替，形成了大面积芦苇群落、菰群落、莲群落等挺水植被带；大面积杏菜群落、菱角+芡实群落等浮叶根深植被带；大面积马来眼子菜、微齿眼子菜群落、苦草植物落等沉水植被带，水生植被盖度达89.9%，有“水下森林”的美誉。

2、以雁鸭越冬种群为主体的迁徙鸟类 雁鸭类是南四湖自然保护区的越冬优势种群，种类多，分布广，共有31种，占全国雁鸭种类的62％，主要有白额雁、鸿雁、豆雁、绿头鸭、绿翅鸭、针尾鸭等种群。

每年9月上、中旬迁徙至南四湖自然保护区，数量在100万只以上，第二年2月上旬至4月中旬又陆续迁往北方，在自然保护区停留时间较长。

主要以植物幼苗、少量鱼类等为食，分布于苇丛和浅水湖中。

3、国家重点保护动植物 本区生物多样性非常丰富，有各种动植物1706种，其中，国家I、Ⅱ级保护植物6种；脊椎动物中有国家I级保护的大鸨、白鹳2种，国家Ⅱ级保护的大天鹅、鸳鸯、长耳鸮、白枕鹤、灰鹤等24种。

(1) 白鹳 属国家I级保护鸟类。

每年从10月上旬迁徙经过南四湖自然保护区，作短暂停留，继续南迁。

第二年3月中、下旬，又从南方向北迁徙，途经南四湖自然保护区补充营养，数日后，继续北迁。

(2) 大鸨 属国家I级保护鸟类，冬候鸟。

主要食物为大豆、绿豆、嫩草、昆虫等。

大鸨性机警，人很难接近。

(3)大天鹅 属国家Ⅱ级保护鸟类，为自然保护区重要越冬鸟类之一。

每年11月中旬至第二年4月中旬在南四湖自然保护区居留时间达5个月之久。

大天鹅为大型游禽，主要以麦苗、鱼类和软体动物为食。

（4）莼菜 属国家I级保护植物，睡莲科（Nymphaceae）多年生草本水生植物，花两性。

5～7月采其未透露出水面的嫩茎、叶可食用。