副科级是“领导职务”，是所在单位(部门)的领导成员;副主任科员是“非领导职务”，虽然相当于副科级，但它不是单位(部门)的领导成员。

举个例子:一个地级市的某某局，比如教育局，它是处级单位，局长是正处级，局里面的科，比如人事科，科长就是正科级，副科长就是副科级，科里面的普通工作人员，一般就是科员，根据资历或表现，科员可以晋升为副主任科员，它在某些方面可以相当于副科级，但并不是副科长;同理，副主任科员可以晋升为主任科员，“相当于”正科级，但也并不是正科长。

科长、副科长是这个科室的“领导”，而主任科员、副主任科员并不是领导。

还有，现在机关公务员改革有一个名词叫作“改非”，就是领导干部到达一定年龄后(还没退休)，离开领导岗位，担任“非领导职务”，比如原来的科长(正科级)，不再担任科长，保留级别，就变成“主任科员”了。