这个是剧情安排的。

具体点说。

第4次圣杯战争的时候Saber其实已经在剑兰战败了。

她向圣杯许愿希望可以重新来过。

选择自己以外的人作为英格兰的守护者。

于是星球的意识力盖亚授予了Saber力量让她把生命定格在最后一刻，然后穿越过来参加第4次战争。

结果是4次战争最后，就剩下Saber和切嗣，以及Archer和绮礼两组的时候，圣杯降临了。

但是切嗣为了不让复仇者和圣杯一起复活，连续用了2道令咒，强制要求Saber摧毁了圣杯。

Saber由于没有了圣杯的魔力支持，消失。

由于没有实现自己的愿望。

所以在第5次的时候通过切嗣留在士郎体内的剑鞘再度被召唤。

这次通过和士郎的接触，知道了圣杯的原理，以及认识到自己其实不需要重来。

于是放弃使用圣杯，将其摧毁。

再次消失。

2次消失的理由一样。

但是一个是被动，一个是主动的。

至于为什么要让Saber回去，这个就是编剧的问题了。

而动画则选择了让Saber回去的这个fate线。

呵呵，个人喜欢UBW线~~。