简单说来就是一些上忍有着自己的特殊使命或是能力，比如红豆（忘记了，楼主莫怪），伊比喜（拷问，审问队长）；惠比寿（教育精英，教出许多火影候选人）。

至于忍者分类以木叶举例就是下忍，中忍，上忍，火影；特殊上忍只是任务，职位，能力和普通上忍有所区别，这些在火影前面有过介绍（个人观点，错了莫怪）。