亚洲　　共有43支球队参加预选赛，争夺4.5个出线名额，预选赛分为四个阶段：　　第一阶段：43支报名球队中国际足联排名较后的38支进行主客场淘汰赛比赛。

19支获胜的球队中国际足联排名较高的11支队伍直接进入第二阶段。

剩下来8支队伍继续进行主客场淘汰赛，获胜的4支队伍进军第二阶段。

　　第二阶段：没有参加第一阶段比赛的5支球队和通过第一阶段的15支队伍，总共20支球队分成5个小组进行主客场制小组赛，每个小组前两名一共10支球队进入第三阶段。

　　第三阶段：10支球队分成2个小组，每小组5个球队进行主客场制小组赛，每组前2名获得南非世界杯资格，每个小组的第3名进入第四阶段。

　　第四阶段：第三阶段的两个小组第3名进行主客场淘汰赛，胜者和大洋洲第一名进行主客场淘汰赛，其中胜者获得世界杯参赛名额。

　　由于中国队需要参加第一阶段的资格赛，如果最终中国队获得与大洋洲第一名进行主客场淘汰赛的机会，那么国足将创造参加世界杯预选赛场次最多的球队。

　　南美　　南美区共有10支参赛球队，仍旧采用大循环的赛制,时间从2007年9月或10月开始。

国际足联分配给南美球队参加南非世界杯决赛阶段的名额仍然是4.5个。

即前4名直接晋级，而第五名将和中北美洲球队争夺一个参加决赛阶段比赛的资格，胜者晋级。

　　大洋洲　　第一阶段：除新西兰之外的10支球队参加南太平洋运动会，前三名晋级第二阶段。

　　第二阶段：第一阶段晋级的3支球队和新西兰一起参加第二阶段比赛，4支球队进行主客场联赛制比赛，前两名晋级第三阶段。

　　第三阶段：通过第二阶段的2支球队进行主客场比赛，获胜者将与亚洲区的第5名进行主客场比赛，胜者获得南非世界杯决赛阶段门票。

　　欧洲　　共有53支球队参加预选赛，分成9个小组，享有13个出线名额，预选赛分为两个阶段：　　第一阶段：53支球队分为9个组进行主客场比赛，每组6队，其中一个组为5队。

每个小组第一的9支球队直接获得世界杯参赛名额；8个成绩最好的小组第二进入第二阶段。

　　第二阶段：晋级第二阶段的8支球队进行主客场淘汰赛，获胜的4个球队进军南非。

　　非洲　　共有51支球队参加预选赛，包括东道主南非，共有6个出线名额（其中一个已经被东道主南非得到），预选赛分为三个阶段：　　第一阶段：51支球队中国际足联排名最低排名较后的6支先进行资格赛，获胜的三支球队晋级第二阶段　　第二阶段：第一阶段获胜的3支球队和未参加第一阶段资格赛的45支球队（包括南非）一起分成12个小组，每组4支球队进行主客场制小组赛。

12支小组第一和8支成绩最好的小组第2，总共20支球队进入第三阶段　　第三阶段：第二阶段晋级的20支球队被分成5个小组进行主客场制比赛，每个小组第1获得进军2010年南非世界杯名额。

　　注：由于非洲区预选赛和非洲国家杯等同，因此南非虽然参加比赛但不会影响其世界杯参赛资格。

　　中北美及加勒比海　　共有35支球队参加预选赛，分享3.5个出线名额，预选赛分为4个阶段：　　第一阶段：国际足联排名较后的23支球队参加第一阶段，其中一队轮空，其余22支球队进行主客场制淘汰赛，获胜的11支球队加上轮空的球队进入第二阶段。

　　第二阶段：没有参加第一阶段比赛的12支球队将和通过第一阶段的12支球队进行主客场淘汰赛，获胜的12支球队进入第三阶段；　　第三阶段：进入第三阶段的12支球队被分为3个小组，每组4支球队进行主客场淘汰赛，每组前2名，共6支球队进入第四阶段；　　第四阶段：第三阶段获胜的6支球队进行主客场循环赛，积分前3名的球队直接获得世界杯参赛名额，第4名和南美区第5名进行主客场淘汰赛，胜者获得世界杯参赛名额。