不是一个单位，这两个单位隶属相同，但性质、业务不同。

长江南京航道局在下关区公共路64号，是交通部长江航道局下属的长江下游航道管理机构，是一个具有行政职能的社会公益型事业单位（正处级）。

长江南京航道工程局在下关区大马路95号，是交通部长江航道局下属、具有建设部首批颁发的航道工程、河湖整治工程专业承包一级资质的国有大型施工企业。