大蛇丸之死篇 大蛇丸的身躯逐步迫近三年界限，连兜的药石也已无助，认为是时候以佐助的躯体进行灵界转生。

另一边佐助认为大蛇丸该教他的全都学会了，大蛇丸的存在对其来说没有利用价值，故先发制人，冲进其房间进行刺杀。

大蛇丸也不甘示弱 ，现出白鳞大蛇真身，并即席进行灵界转生。

然而，他却讽刺地在自己进行转生的结界内，被佐助反吞噬及夺去一切力量。

大蛇丸恶贯满盈一生，最终得到应有的下场，留下一副大蛇躯壳。

后药师兜把其剩下的遗体移植到自己的左手，欲得到大蛇丸的能力，不过也被大蛇丸遗体反吞噬已达3成。

兄弟生死战篇 杀掉大蛇丸的佐助，终于跟兄长宇智波鼬重遇，并进行了宿命生死一战。

于392话中，大蛇丸潜藏在佐助的查克拉，因本身对战时体力耗尽而被释放出来，大蛇丸亦因此一度控制佐助，使用八歧之术。

但最终仍为宇智波鼬的绝招‘须佐能乎’所克制，大蛇丸连同八歧大蛇被吸进酒葫芦的空间内。

在八歧大蛇被吸进葫芦的一瞬间，八歧大蛇的一部分掉了下来，变成小蛇躲进石缝，后鼬在战斗中战死，小蛇企图溜走，结果被鼬剩下的天照烧死，那有可能就是大蛇丸。

目前，只有兜身上才寄存有大蛇丸的细胞，这应该是大蛇丸再次登场的希望，另外御手洗红豆的身上还存在一个天之咒印，红豆也可能成为大蛇丸再次登场的希望。