DNA拓扑异构酶存在于细胞核内,他们能够催化DNA链的断裂和结合，从而控制DNA的拓扑状态。

DNA拓扑异构酶可以分两类：一类叫拓扑异构酶I，一类叫拓扑异构酶II。

拓扑异构酶I催化DNA链的断裂和重新连接，每次只作用于一条链,即催化瞬时的单链的断裂和连接，它们不需要能量辅因子如ATP或NAD。

拓扑异构酶II能同时断裂并连接双股DNA链．它们通常需要能量辅因子ATP。