琼山中学的初中部最后一届是在2004年，当时一共招了8个班，从372——379，当时学生的录取主要是按地区划片的，因为高中部扩招而且琼山中学的场地有限，所以初中部就停办了。

此后招生停止至今已有六年。

因为新校区的建立，目前琼山中学的高中部将全部于九月份搬至新校区，又由于府城中学不打算再办高中部了，所以两方校领导达成协议，将琼山中学旧校区（文庄路10号）借给府城中学高中部使用三年，待府城中学高中部的学生全部毕业，府城中学便不再办理高中了。

所以现在的琼山中学旧校区三年后还将作为日后琼山中学的初中部。