质子泵可逆性ATP酶，能在外能驱动下逆浓差转运H+。

线粒体内膜呼吸链中有三个酶复合体具有质子泵功能，能将H+由内腔转运到外腔，它们是：细胞色素c氧化酶、辅酶QH2-细胞色素c还原酶、NADH-辅酶Q还原酶。

细菌的的质膜上普遍有质子泵，有的伴有呼吸链组分。

嗜盐菌膜上的菌紫质（bacteriorhodopsin）受光照驱动，可将H+运入菌体内浓集。