区别如下：三公九卿是由皇帝任免；三省六部官员的升迁任免由吏部掌管。

2、三公九卿可以世袭；三省六部无法世袭。

3、三公九卿是官员人事制度；三省六部是国家行政机构4、三公九卿制是综合性中央行政体制，行政、军事、监察权力融为一体，帝政、国政混为一谈；三省六部制是集决策、审议、行政为一体的中央行政体制。

5、三公九卿制使专制集权建立并趋向巩固；三省六部制使专制集权步向完善。

参考资料：百度百科-三省六部制百度百科-三公九卿。