我的理解是将可以拼接的片段经过重叠拼接后形成contigs，若干的contigs根据另外的酶切信息或其他可以作为“路标”的标记信息而拼接，可以形成各个contig在染色体上的线性排列或是相对位置关系。

这样的排列就形成了scaffold. 换言之，scaffold是众多的contig拼接结果。