学院分长期与短期进修两种，长期学制为六年，特殊学位需十三年。

根据学员入学时的基础，不够一定文化基础的编入预备班，修学文化课，考试成绩合格后方可与其他学员一同修学其它课程。

每人每学期至少修满六门课程，于期中期末各举行大考，以检测其学习成绩。

考试不及格者继续学习，直至考试及格。

六年后修学成绩合格者可发给毕业证书。

此外通过各学科的单科考试，立宗论文以及口头辩论的，学院可以授予其堪布(法师)的学位。

另外还可根据学生的实际，在学院进行一、两年或一、两个月的短期学习，单科考试合格者，发给其单科结业证书。