微生物主要分为以下几类：（更详细与严谨的分类请参阅微生物分类表） 原核微生物 细菌(Bacteria) 古菌(Archaea) 真核微生物 真菌(fungus) 霉菌 酵母 担子菌 原生动物(protozoan) 藻类(algae) 无细胞生物 病毒(virus) 类病毒(virusoid) 拟病毒(viroid) 朊粒（亦称朊病毒、蛋白质质感染性颗粒）(prion)。